Rodeada de un ambiente familiar inconformista y reformista, creció en un entorno que creía en la igualdad de las mujeres en la educación. Su padre, Caleb Scott (rector del Lancanshire College) le inyectó el virus de las matemáticas, ofreciéndole estudios con los mejores profesores particulares que encontró. Gracias a esta enseñanza, rara en las mujeres de su época, pudo entrar en 1876 en el Hitching College, que más tarde se conocerá por Girton College, en la universidad de Cambridge.
En 1880 se gradúa, pero al ser mujer le prohíben recibir su diploma en la ceremonia de graduación. No pudo, por tanto, ver como todos sus compañeros boicoteaban la ceremonia al grito de ¡Scott es de Girton! Educada en la igualdad, no se arredró por esa discriminación (que no terminaría hasta 1948) y recibió su diploma por la universidad de Londres.
Fue la primera matemática que enseñó en la universidad femenina de Bryn Mawr en Estados Unidos.
